Se pretenden que las líneas de investigación del Doctorado promuevan trabajos multidisciplinarios y transdisciplinarios, lo cual permite variados enfoques alrededor de un mismo aspecto, guardando por supuesto la coherencia en torno a una orientación central, esta orientación debe de estar dirigida a la teología y la filosofía, por lo tanto, las líneas de investigación propuestas son:

1ª. Línea de Investigación: El Concepto de Ciencias de la Religión y sus Principales divisiones: el origen histórico de las ciencias de la religión y esquema de su ordenación. Psicología de la religión: objeto y método de esta disciplina. La conversión; los fenómenos místicos; las sectas y las nuevas formas de religión. La sociología de la religión: método y objeto. La historia de las religiones.

2ª. Línea de Investigación: Concepto de experiencia religiosa. Sus tipos, su estructura, la implicación del sujeto y su singularidad: las expresiones de la experiencia religiosa: culto, rito, fiesta; oración; ofrenda y sacrificio. Las dimensiones esenciales de lo divino: real, trascendente, misterioso, personal, sagrado, santo y salvífico. Las actitudes religiosas del hombre: reconocimiento, temor reverencial y vivencia del amor.

3ª. Línea de Investigación: Esencia y justificación de la religión. Aproximación etimológica y funcional al concepto de religión: definición sustantiva de religión. La apertura del hombre a Dios. La ordenación del hombre a Dios. La religión como relación personal. Crítica de algunos reduccionismos: antropológico, psicológico, sociológico, ético o racionalista.

4ª. Línea de Investigación: La verdad: análisis de la concepción clásica de la verdad como adecuación: la verdad en el conocimiento sensible y en el conocimiento intelectual. La dimensión subjetiva de la verdad: evidencia, certeza, duda e ignorancia. Exposición y crítica del escepticismo y del relativismo.

5ª. Línea de Investigación Dios y el ser: Las categorías y los transcendentales. Acto y potencia: origen de la distinción, niveles en que se presenta y relaciones mutuas. La causalidad. La demostración de la existencia de Dios. Dios como acto puro y creador.

6ª. Línea de Investigación: La persona humana: la unidad sustancial de la persona humana. Espiritualidad e inmortalidad del alma humana. Persona y libertad: libertad fundamental, psicológica y moral. Persona, naturaleza y cultura. Persona y sociedad: distintas concepciones de la sociabilidad humana.

7ª. Línea de Investigación: La ética como disciplina filosófica: Los actos humanos y la razón como regla de su bondad. La virtud moral, hábito de la buena elección. La ley moral natural. Juicio moral de las acciones particulares, basándose en los derechos humanos la naturaleza y fundamentación de los derechos sociales, que implica el estudio e investigación de los principios morales como fenómeno en distinción en cada sociedad y la búsqueda continua de la imperativa necesidad de una moral basada en los Derechos Humanos.

8ª. Línea de Investigación: Orientación Filosofía de la Práctica: Indagar sobre la búsqueda continua de poner en práctica los principios de un pensamiento bien razonado, profundo y con sentido. Investigando como se dilatan las fronteras de su ocupación para incluir la aplicación práctica de sus conocimientos, en busca del sentido de la vida, que promueve el recurso y aplicación de un examen crítico de creencias básicas, valores, conceptos y prejuicios, con base a la dialéctica, de la práctica filosófica que favorece la interrogante, pertinente y esclarecedora, con el objetivo de exponer conjeturas ocultas, que dan pie a la pregunta que posteriormente contestará la ciencia. 

9ª. Línea de Investigación: Orientación Lógica y Filosofía de la Ciencia: filosofía general de las prácticas científicas. Teoría de la referencia de los términos científicos. Los lenguajes científicos y su vínculo con la universalidad del lenguaje. Observación científica. Metafilosofía general de las ciencias. Estudio comparado de autores Disciplinares. Estudio comparado de problemas en tradiciones epistemológicas diferentes. Para esta línea de investigación la condición simbólica se transforma en el devenir de la propia mediación, en tanto inscripción de la cuestión de los límites, en el sentido de la problemática kantiana de la razón en la estructura invariante de la mediación tecnológica (con preponderancia de las tecnologías de la información y de la comunicación, en adelante TICS).

10ª. Línea de Investigación: El conocimiento filosófico de Dios: la filosofía cristiana por ser sierva de la teología. No que siguiera sus métodos, sino que estaba subordinada y supeditada a ella. Se trataba de comprender racionalmente lo que fuera posible de ello dentro de los contenidos de la fe. Y no cualquier filosofía sirve para reflexionar sobre la Escritura, y aun cuando Santo Tomás eligió a Aristóteles, tuvo que rehacerlo en muchas cosas.

11ª. Línea de Investigación: La personalidad de Dios: analizar la vida auto existencial y carácter de Dios. Analizando los tres elementos de la personalidad que tienen que ver con el intelecto, sensibilidad y voluntad. Estudiando a Dios como un ser viviente, que tiene habilidad para pensar, sentir y escoger. Basando su estudio en los principios bíblicos como cimiento doctrinal y religioso, entendiendo a Dios como una persona pero que no tiene cuerpo físico material entendiendo a Dios como un ser infinito en la existencia y perfección, un espíritu puro, invisible, sin cuerpo, partes ni pasiones.